По данным территориального раздела Статистического регистра Росстата на 1 января 2023 года количество предприятий и организаций на территории района составило 192 единицы.
Основу экономики Онежского района составляют предприятия лесопромышленного комплекса, горнодобывающей отрасли, агропромышленного и рыбохозяйственного комплекса, а также пищевой промышленности.
Основная отрасль экономики Онежского района — лесопромышленная. Район на протяжении многих десятилетий является одним из лидеров по производству пиломатериалов.
Основу лесопромышленного комплекса составляют: АО «Онежский ЛДК», в том числе филиал АО «Онежский ЛДК» по лесным ресурсам. Практически вся заготовленная древесина перерабатывается на территории района. Лесозаготовительные предприятия Онежского района являются основными поставщиками пиловочного сырья на АО «Онежский ЛДК». 
АО «Онежский ЛДК» – самое крупное предприятие в Онежском районе, одно из крупнейших в области. Основными видами деятельности АО «Онежский ЛДК» является производство экспортных пиломатериалов и технологической щепы. Рынки, на которых комбинат в настоящее время осуществляет и намерен в дальнейшем осуществлять свою деятельность: для продажи пиломатериалов - рынок Китая, для продажи отходов лесопиления — внутренний рынок (АО «Онега-Энергия», ООО «ПКТС»).
На самом крупном предприятии района - АО «Онежский ЛДК (с учетом филиала по лесным ресурсам) — среднесписочная численность работников на конец 2022 года составила 1137 человек. Среднемесячная заработная плата в 2022 году составила 50 748,50 тыс. рублей, что больше на 7,87%, чем в 2021 году.
Перспективы развития имеет топливная промышленность. Все котельные города используют в качестве топлива кородревесные отходы, образующиеся в результате деятельности АО «Онежский ЛДК». В городе имеются большие запасы лигнина (отходы деятельности бывшего гидролизного производства), которые являются сырьем для производства топливных гранул АО «Бионет». Запасы лигнина 4,25 млн. тонн. Вторым источником сырья для производства топливных пеллет является щепа, которую производит АО «Онежский ЛДК».
На территории Онежского района находится действующее горнодобывающее предприятие ООО «Онега Неруд», производящее до 50 % всего объема щебня, 
вырабатываемого в Архангельской области. Минерально-сырьевая база на территории Онежского района представлена месторождением строительных материалов (песчано-гравийные смеси, пески, строительный камень), глиной кирпичной, поваренной солью. Площадь горного отвода под разработку Покровского месторождения составляет 142,0 га. Тип горной породы - амфиболиты и гранито-гнейсы. Текстура полосчатая. Основная масса состоит из плагиоклаза, кварца, микроклина, биотита и роговой обманки